دلایل زیادی بر فساد عقیده اسماعیلیه وجود دارد که بعضی اشاره می‌شود:
۱- همه‌ی فرقه‌های اسلام چه شیعه و چه سنی نزول وحی به وسیله فرشتگان بر پیامبر (صلی‌الله‌علیه‌و‌آله‌وسلّم) و ختم نبوت به آن حضرت را، از مسائل ضروری و قطعی اسلام می‌دانند در حالی‌که بعضی از اسماعیلیه قائلند ابوطالب محمد را تعلیم و تربیت کرد و شریعت اسلام را به وی یاد داد.و برخی دیگر عقیده دارند محمد بن اسماعیل از پیامبران اولوالعزم است و شریعت اسلام را نسخ خواهد کرد!!
این عقاید نزد شیعه و سنی کفر صریح و آشکار است.
۲- شیعه و سنی روایات زیادی از پیامبر محمد (صلی‌الله‌علیه‌و‌آله‌وسلّم) نقل کرده‌اند. مبنی بر این‌که او دوازده جانشین دارد. اعتقاد اسماعیلیه به هفت امام با تمام این روایات تنافی دارد.
۳- نام جانشینان دوازده گانه پیامبر محمد (صلی‌الله‌علیه‌و‌آله‌وسلّم) در روایات اهل بیت (علیهم‌السّلام) مشخص و معین است. عقیده اسماعیلیه به امامت اسماعیل یا فرزندش محمد بن اسماعیل، با تمام این روایات مخالفت دارد.
۴- عصمت یکی از شرایط امام است و طبق بعضی روایات امام صادق (علیه‌السّلام) در جواب حسن بن راشد که از امامت اسماعیل سؤال کرد فرمود:
«اسماعیل گنهکار است، گنهکار است (معصوم نیست)، او به من و هیچ یک از پدرانم (که معصوم هستیم در عصمت) شباهت ندارد».
البته اسماعیل مرد با فضیلتی بوده و امام صادق (علیه‌السّلام) علاقه زیادی به او داشته و در مرگش نیز خیلی ناراحت شد و سخن فوق برای نفی عصمت اسماعیل است و این‌که او معصوم نیست و از این جهت شبیه او و پدرانش نمی‌باشد تا لیاقت برای امامت داشته باشد.
و محمد بن اسماعیل نیز همان کسی‌است که وقتی به سوی عراق می‌رفت به امام موسی کاظم (علیه‌السّلام)، گفت: ای عمو، به من سفارشی کن. آن حضرت دوبار فرمود:
سفارش می‌کنم که در ریختن خونم از خدا بترسی و مال زیادی نیز به او بخشید.
او سپس نزد هارون رفت و به او گفت: ای امیر مؤمنان! این مملکت دو خلیفه دارد؛ موسی بن جعفر در مدینه که ثروت و پول در اختیارش گذاشته می‌شود و شما در عراق. هارون گفت: تو را به خدا راست می‌گویی؟ محمد بن اسماعیل سوگند یاد کرد که راست می‌گوید و هارون صد هزار درهم به او جایزه داد. محمد بن اسماعیل پس از برگشت به منزل، همان شب مرد.